진안 지역의 고등학교는 1956년 3월 진안농업고등학교가 진안중학교와 병설로 설립된 것이 시초이다. 1973년 3월 진안종합고등학교로 개편되었고, 1981년 3월 진안중학교와 분리되어 9월 진안고등학교로 개편되었으며, 1991년 10월 진안공업고등학교로 개편되었다. 1981년 9학급으로 설립 개교한 진안여자고등학교는 1992년 3월 학교를 진안여자중학교와 바꾸고 진안제일고등학교로 개편하였다. 1972년 3월 개교한 마령고등학교는 1988년 9월 마령중학교와 마령고등학교로 분리되었다. 1999년 안천초·중·고등학교로 통합된 안천고등학교는 1971년 1월 안천고등학교 6학급 남녀 공학으로 개교하였다. 진안군 유일한 사립 특성화 학교인 한국한방고등학교는 2009년 9월 특성화 지정 학교로 6학급 150명으로 개교하였다. 2013년 3월 현재 진안군에는 일반계 고등학교인 마령고등학교, 안천고등학교, 진안제일고등학교와 실업계 고등학교인 진안공업고등학교, 특성화 지정 사립 고등학교인 한국한방고등학교 등 고등학교 5개교가 있다.